En 2002 el Club Deportivo Guadalajara enfrentaba problemas económicos, los cuales obligarían a vender el 87 por ciento de las acciones a un empresario de nombre Jorge Vergara, quien tenía la visión de regresar al equipo a los grandes planos del futbol mexicano.
Siempre polémico, pero apasionado por su club, el tapatío recibió un equipo endeble económicamente, que era respaldado por una fiel afición. El reto era regresar al Rebaño Sagrado a lo más alto del balompié nacional y consolidarlo como referente del continente americano.
Vergara adquirió los 190 certificados de la extinta sociedad civil. Luego de tres años en un proceso jurídico ganó el litigio y se mantuvo como el dueño legítimo de la institución rojiblanca.
El empresario invirtió en el desarrollo de las fuerzas básicas, se preocupó por la formación de jóvenes futbolistas, favoreciendo al club, que a su vez se convirtió en semillero de la selección mexicana.
Una de las primeras promesas que cumplió fue la de limpiar la camiseta del equipo y quitarle los anuncios de los patrocinadores para lucir a tope los colores rojiblancos.
Además, edificó el nuevo Estadio Chivas para tener un recinto exclusivo para su equipo y decirle adiós al Estadio Jalisco, el cual compartía con Atlas y Leones Negros de la Universidad de Guadalajara.
Del mismo modo, en 2003 Vergara Madrigal hizo una incursión en el futbol de Costa Rica cuando adquirió al Club Saprissa, equipo que mantuvo hasta 2011 cuando lo vendió al Grupo Horizonte Morado.
En su intención por expandir la marca Chivas a los Estados Unidos, el empresario tapatío compró una franquicia y creó Chivas USA; equipo que tuvo hasta 2014, cuando la MLS le quitó la franquicia para transformarla en LAFC.
De la mano del tapatío, las Chivas fueron el primer equipo de la Liga MX que apostaron por el modelo de las transmisiones vía streaming y creó Chivas TV, decisión que fue criticada por los aficionados ya que no compartían la idea de pagar por ver a su equipo luego de estar en televisión abierta.
Durante su gestión, el conjunto tapatío ganó dos títulos de Liga MX, dos trofeos de Copa MX, un campeonato de Liga de Campeones de Concacaf, una Supercopa y un Subcampeonato de Copa Libertadores en 2010.